神盾倒塌后，在尼克·弗莱的允许下，科森开始重建组织并清理混乱。除了招聘新人员，最重要的是与政府机构建立信任的桥梁。与此同时，Curson的团队负责人试图在世界各地搜索九头蛇残余团队的踪迹，而Ward，他的前搭档现在是叛徒，成为了他们唯一的线索。库森觉得，他在最初复活时所经历的“副作用”偶尔会浮现在脑海中，他也意识到自己的自制力越来越差。为了查明真相，他不得不雕刻墙壁，甚至派队员去送死，一再导致神盾局面临更大的危机。更让人惊讶的是，斯凯失散多年的父亲突然回来了，而且还有一个自古无人见过的由“外人”组成的联盟。结果，斯凯再次对自己的背景提出质疑，陷入了在家人和朋友之间做出选择的困境。

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影评人

【神盾局特工第二季】汪可盈主演，神，魔鬼与自由

比第一季好看了一个档次，但依旧没改剧情不流畅，不完整的毛病，
神盾局特工第二季冬歇期前新添了一位漫威英雄-震波女（同时也是异人族），一方面为2018年上映的漫威电影《异人族》埋了一个大伏笔，另一方面联系了漫威宇宙，异人族是宇宙两大种族Kree人和Skrull人战争产物，银河护卫队中，Skrull代表人物是星爵他爸，Kree人代表人物是大反派指控者·罗南。悬念制造的不错，要是神盾局剧情方面再流畅一些就完美了~~

　　神盾局第二季在昨天（再次）以两集联播的形式结束了，我相信看完的人有和我一样的感受，那就是结尾非常强势、刺激，可以说是一手将整个神盾局剧集提升到了一个新的高度。虽然20集之后和电影复仇者联盟二的互动基本等于没有，但是结尾的时候却打开了一扇通往新世界的大门，虽然编剧再一次对科学组下手的卑劣行径让人不齿，但是瑕不掩瑜，至此，第二季剧集可谓完美结束了。
　　这一季前半部分的剧情仍然秉承了神盾局第一季以来温吞水的节奏，编剧的水平也确实令人堪忧，甚至九头蛇高层集体扑街那么大的事件，都编的让人难以置信。但是异人族浮上水面后，编剧似乎终于找到了自己应该往什么地方用力——从skye和小花完成转化开始，神盾局和九头蛇的矛盾被扔到一边，和异人族的关系成为剧集的重点。而与此同时，第一季挖下的坑也慢慢填上，主角们的形象开始变得立体起来，有几个人物的处理尤其有意思。也是我个人看完后觉得不吐不快的地方。
“铁骑”的心结
　　其实梅特工在第一季里应该是一个很不讨喜的角色，太冰冷

第二季神盾局节奏更怪异，1-9以方尖碑为线索，感觉九头蛇Whitehall是大boss，却轻易一枪被秒匆匆了事；接下来往异人族线靠近，给人期待，实际着墨不多，就领袖嘉颖、电男林肯、瞬移男咯噔、主角skye、预测女蕾娜5个，其他众多异人族村全无介绍真是好龙套；神盾局分分合合、梅反了科尔森、科尔森让位屈居老头子下也是脑洞大开；嘉颖对抗神盾局才刻意洗黑嘉颖+毫无开战理由+死对头瑞娜毫无理由为skye得知真相送死；从占领航母到被一小队+1翻盘，真是神奇；最神奇的是老妈要杀skye，吸星大法那么久（是慢镜头可是真假），让人弃剧。
二、人物刻画不深、随便洗白抹黑