一间平凡无奇的咖啡店，老板在打烊后回到二楼的住所，放松之际，突然被电脑萤幕中的自己给叫住，对方声称是来自两分钟后的自己。原来他的咖啡店和住所之间有两分钟的“时差”。
在经历了第一季的平淡无奇，第二季的翻天复地后，动画版《魔法先生》第三季终于开学了！第三季全名为《魔法先生 涅吉！～白翼 ALA ALBA～》（魔法先生ネギま！～白き翼 ALA ALBA～），这次涅吉终于带领这帮问题学生平安过渡到初三。
这一次，主人公是一个名叫里希特的年轻人（由中岛直树配音），他使用了一把令人惊讶的长剑，并戴着面具来隐藏自己的真实身份。有一天，里希特遇到了一个叫Yonaga的年轻女孩（由Rina Honizumi配音）。阳菜听从母亲的遗言，踏上了寻找“暗杀之王”的旅程。从小在山里长大的羊才，不谙俗世，但也因为这种独特的天真，获得了意想不到的力量。
