个性活泼开朗有时候显得有些大大咧咧的水无月遥（田村由加莉 配音）、成熟稳重颇具大小姐风范的神无月葵（能登麻美子 配音）、从意大利转学而来的天才少女叶月胡桃（钉宫理惠 配音），活泼可爱的三人平日里在学校中是无话不谈的好友，过着平凡的校园生活，但每当夜晚来临，她们便会变身成为拥有超能力的魔法少女。 三人的目标，是寻找价值连城的天使像，邪恶而又贪婪的地下拍卖组织Black auction得到了它，企图通过它来牟取暴利。成绩优异的学生会长如月唯人（桧山修之 配音）、随叫随到的万能管家长月平之丞（清川元梦 配音），是他们在背后默默的支持着少女们。
第二天，柯南（高善男配音）和他的朋友们去东都水族馆观光，却发现了一个美丽的受伤女人（天海佑希配音）。这名妇女处于失忆状态，她的手机也被损坏，无法使用。柯南和其他人承诺会帮助她恢复记忆，但就在他们交谈的时候，隐藏在黑暗中的黑衣组织成员贝尔穆德（小山莫美配音）冷漠地看着这一切。在相处过程中，这个女人非凡的技巧和奇怪的言行让Ashikawara Ai（林惠美配音）质疑她的真实身份。刚才有一个平静的水族馆，那些沉浸在喜悦中的人会认为，随着神秘女子技能的恢复，他们很快就会卷入黑暗组织的杀戮和混乱中
性格迥异的二人携手搞定了花哨白领沼田卓也（冈田将生 饰）的性骚扰案，知名演员南部哲郎（高桥克实 饰）之子的打人事件以及律界精英箕轮正臣（竹野内丰 饰）内心深藏多年的烦恼。 下跪谢罪作为国粹，经黑岛得到了极大的发扬，甚至他还被请去解决日本和蒙坦王国之间的国际纠纷。然而一向轻车熟路的他，却遇到了从业以来最大的挑战……
