1943年，欧洲战场上的局势神秘而不可预测，卡特兰的外星军队统治着世界，给世界蒙上了恐怖和死亡的阴影。在关键时刻，一群年轻女孩挺身而出，与邪恶的军队展开了一场殊死的战斗。
随着星系在“宇宙行星联盟”的有效维护下逐渐繁荣，随之而来的是越来越明显的经济交流。为了维护经济公平原则，确保各方利益，世界主义联盟专门成立了GOTT（银河贸易和关税组织），作为监督行星国家之间关税和贸易往来并调查相关非法活动的执行机构。GOTT的特警具有各种特殊能力，成对负责最前线的执法工作，他们被称为ES成员。在太阳历328年（公元25世纪），在人类建立第一个殖民地行星300多年后，这是ES成员活动的时代。《Kiddy Grade》中的两位女主角——性格开朗直率的Akrel和外表青涩但成熟冷静的Ryumi Al，正是GOTT中神秘的ES成员特警之一。从他们精致的外表来看，完全无法想象埃克莱尔是一个具有非凡破坏力和速度的超自然女孩，而Ryumiel是一台具有智能处理能力的实时计算机，可以与超级计算机相媲美，可以从指尖发光来操作各种电子设备。他们接到任务出发后，故事就在观众面前开始了
整个故事围绕着莉莉安女子学校的传统展开。作为一名大一新生，主人公福泽由纪遇到了二年级的小笠原优子，在经历了无数障碍后，两人成为了恋爱中的“姐妹”。故事围绕着学生会“山百合社”的朋友和同学展开。
