之后，小五郎被捕。柯南发现安室多出现在爆炸现场并受伤。为了回报毛利叔叔的清白，柯南、阿里博士和少年侦探队的年轻同伴们组队调查现场并收集证据。随着调查的深入，柯南发现这起爆炸案隐藏了包括恐怖分子和公共安全在内的多方之间的复杂关系，真相更让所有人震惊。。。这部电影是“名侦探柯南系列”的第22部动画剧场版，总票房收入超过90亿日元。
在亚美斯多利斯期间，爱德华・艾尔利克（朴璐美 饰）和弟弟阿尔方斯（钉宫理恵 饰）遭遇了还有两个月就可以刑满释放的越狱犯梅尔文（森川智之 饰），结果发现对方拥有不输于艾尔利克兄弟的强大炼金术。
