小智和皮卡丘将一起开始一场新的冒险。。。另一方面，在亚速特王国的超级机构城市，贾维斯部长获得了他多年来一直追求的终极发明——500年前在亚速特王国诞生的人造宝藏克蒙马奇纳。据说，在马吉亚纳邦内部有一种被称为“灵魂之心”的未知力量，贪婪邪恶的贾维斯试图利用这种力量统治王国。小智和波尔克尼恩将如何解决他们之间的分歧？Polkenyon和Majana的起源是什么？他们如何携手对抗贾维斯，拯救亚速特王国？马吉安娜的最终命运是什么？神奇宝贝历史上最伟大的战斗即将开始！
继承扎赫领导人名字的人是孙怡，一个从外国来到这里的年轻人。另一方面，三郎是第一个发现欧洲大国侵略意图的人，他四处奔走保护日本。这两个人完全没有交集，在外国侵略者的进攻下形成了联系。这些战国时期的人将如何实现他们的信仰和正义。
宗武喜欢收集稀有矿物，有一天，他被卡恩、罗曼和奥特等同龄人引起的骚动所吸引，迷失在年深的地下湖中矿井。在那里，宗武遇到了一个不可思议的年轻女孩，她留着飘逸的蓝色头发，直视着她的红色瞳孔。她是谁？这次遭遇给宗武带来了什么？随后，建立的债券将打开冒险之门。
