POLYPHONICA大陆的科学水平是地球的现代~近未来的水准,与地球现代科学产物同样的东西也基本存在以外,所谓的未来城市也一样存在。与之平行的是,借助演奏“神曲”的精灵力量这样的技术体系也同时发展着。似乎在这个世界隐藏着极大的秘密,精灵和人类不知不觉就面临着真相揭晓的那个时候……
小智(松本梨花 配音)带着皮卡丘(大谷育江 配音),和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上,一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴(钉宫理惠 配音)的少女麦亚丽(中川翔子 配音)。胡巴能够制造出神奇的时空圆环,带领大家在不同的地点来回穿梭。