2016年，由于开始侵蚀世界的怪人“BugStar”=未知的电脑游戏病毒侵蚀开始。为了救助感染者，决定与BugStar战斗的天才玩家宝生永梦变身为假面骑士Ex-Aid。
天成制药的派遣成员卫佐藤（松井爱莉饰演）因爱犬去世而悲伤，正在酒吧喝酒。和一个来聊天的男人发生了争执。出乎意料的是，这个人竟然是公司总裁高木康一（直藤敏充饰演）。第二天，被总统召见的魏先生来到办公室，意识到自己被解雇了。
深月（由大久保实美配音）性格冷漠矜持，有着强大的运动神经，实际上她内心非常需要保护。星月（为日高丽菜配音）是一个智商很高的女孩，对机械很精通。在三姐妹中，她是最温柔、最迷人的。一次偶然的机会，三姐妹突然遭到陌生人的袭击，而袭击者的唯一目标就是得到传说中的“伽利略的遗产”。然而，三姐妹对这一遗产的存在一无所知。为了不让宝贵的遗产落入坏人之手，这三个性格各异的姐妹决定合作。
