心怀梦想的亚丽莎经过不断的修业和努力，终于得到了试镜的机会，并有可能在恩底弥翁落成的庆祝活动中演唱。这一晚，当麻、茵蒂克丝和亚丽莎在夜归途中遭到史提尔率领的魔法师们的攻击。而学园都市秩序维持部队的介入，无疑标志着魔法侧和科学侧全面战争即将爆发。亚丽莎的体内究竟隐藏着怎样的力量和秘密…… 本片根据镰池和马（创作）、灰村清孝（插画）的轻小说改编。
在距离东京300公里的凤凰岛上，一名男子被马踩踏致死。没想到，他的老搭档杉田优（水谷裕太饰）的Kobe Zun（菊川光博饰）找到了他。最初，这个私人小岛是为一个有自卫队背景的民兵组织提供训练基地，该组织似乎涉嫌制造生化武器。
