20世纪，人类和被称作monster的生物们之间发生了一场很大的战争。这场激烈的令人无法想象的战争最后以monster一方的胜利告终。随着时间的流逝，人们逐渐忘记了这件事，迎来了新世纪。
为了报答自己的罪过，挽回失去的一切，兄弟俩踏上了寻找传说中的“哲人石”的旅程。几年后，一位右臂和左腿都被“机械盔甲”取代的国家炼金术士出现在人们面前。他被称为“钢铁的炼金术”。
华想收留这个孩子，给他取个名字叫青子。但另外两人表示反对。于是，他们三人踏上了寻找青子父母的旅程。平安夜的欢乐气氛伴随着怀里清子的哭泣。三个无家可归的人开始为同样无家可归的清子寻找自己的家。这群流浪者一夜之间经历了许多精彩的事件。他们能找到清子的父母吗？
