2029年3月某日，某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵，众多外国使节及其同侪眷属沦为人质，事态十万火急。草薙素子（坂本真绫 配音）召集巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等得力属下，并制定了周密的营救计划。
With the summer in the sea, she draws the relationship between her younger brother and her older sister who is shaking out.
为了报答自己的罪过，挽回失去的一切，兄弟俩踏上了寻找传说中的“哲人石”的旅程。几年后，一位右臂和左腿都被“机械盔甲”取代的国家炼金术士出现在人们面前。他被称为“钢铁的炼金术”。
