从那时起,五年过去了。亚马逊几乎被驱逐,世界正在走向和平。然而,感染亚马逊细胞的普通人的亚马逊化现象继续扩大,政府成立了一个新的4C组织,秘密驱逐亚马逊化的人类。其中,童年时被亚马逊抚养长大并变身为假面骑士的年轻人亚马逊·尼奥对抗亚马逊。
就在这一刻,吴突然回到了1988年,回到了他当时就读的小学。当时,在谋杀案中死亡的同学Akira Yoshiyuki(吉村明配音)和Hiromi Yamada(桂头明利配音)尚未被杀害。吴决心用自己的能力来保护秋叶和广美的安全,洗清白鸟云的冤屈,找到幕后的真凶。在吴的努力下,性格阴暗孤独的佳代终于向他敞开了心扉,两人结下了深厚的友谊。很快,案件发生的那一天到来了,茫茫的夜晚过去了。当光芒来临时,吴能再次看到佳黛天真的笑容吗?