平静的东京湾突然发生沉船事故。当人们还在怀疑海底火山是否爆发时，一只巨大的怪物从水中浮出水面，降落在城市里。日本政府领导成立了“不明生物大灾难省”，该省吸引了该国怪人的参与。
当附虫者们为了完成自己的梦想而使用超能力时，便会在社会中制造出许多怪异的景象，引起市民的恐慌。 为了应对附虫者的存在，政府设立了名为“特别保护环境事务局”的机构，该机构负责监视附虫者，以及消灭虫，而身上的虫被消灭后，附虫者则会变为“缺陷者”。讽刺的是，在机构中供职的人们，他们本身亦是附虫者。在不断地和虫战斗的过程中，他们也在一步一步地接近他们的梦想。
